Rozhodnutie Ankary premeniť pôvodne kresťanských chrám po 85 rokoch opäť na mešitu sa stretlo s nesúhlasom v Grécku. Na protest proti prvým moslimským modlitbám v bývalom chráme Božej múdrosti zvonili v Grécku zvony a aténsky arcibiskup Hieronymos počas osobitnej bohoslužby označil premenu za „hriešny čin“.
Počas nej zaznel aj akatist – modlitba byzantského obradu k presvätej Bohorodičke. Podobná bohoslužba sa konala v Hagii Sofii aj v roku 1453, v predvečer pádu byzantskej ríše do rúk Osmanov. Dnešok „je dňom smútku pre celé… kresťanstvo“, uviedol Hieronymos.
Grécky premiér Kyriakos Mitsotakis vyhlásil, že krok Turecka je urážkou civilizácie 21. storočia. V gréckych mestách protestovali stovky ľudí a v Solúne počas protestu dokonca zapálili tureckú zástavu.
„Grécko opäť ukázalo svoje nepriateľstvo k islamu a Turecku pod zámienkou, že reaguje na otvorenie mešity na modlitby. Malo by sa prebudiť z byzantského sna, z ktorého sa nedokáže vymaniť už 567 rokov,“ reagoval hovorca tureckej diplomacie Hami Aksoy.
Premena múzea na mešitu vyvolala negatívnu reakciu medzi kresťanmi. Znepokojenie vyjadrili USA, EÚ, Rusko, UNESCO i viacerí cirkevní predstavitelia vrátane pápeža Františka. Chrám Hagia Sofia pochádzajúci zo 6. storočia sa po prvý raz stal mešitou po dobytí Konštantínopolu, dnešného Istanbulu, vojskami Osmanskej ríše v roku 1453.
V roku 2007 sa ocitol na celosvetovom zozname architektonických zázrakov UNESCO na základe ankety, na ktorej sa prostredníctvom internetu alebo telefonického prieskumu zúčastnilo takmer 100 miliónov ľudí. Pre mnohých Turkov je premena chrámu na mešitu aj symbolom veľkosti ich národa.